El trabajo a desarrollar en el Programa TRAGUA se estructura sobre 5 bloques Temáticos de Actividades; (i) Coordinación, (ii) Científico-Técnicas, (iii) Formación, (iv) Difusión y Transferencia y (v) Demostración. El conjunto supone 18  Actividades  que contienen 53 Tareas.

Los hitos a alcanzar a lo largo del programa generarán 35 informes, 5 libros de ponencias, 5 guías de uso, un modelo de simulación, dos planes de estudio de másteres, cursos breves, un número a determinar de comunicaciones a los medios de comunicación, diversas reuniones con las administraciones, empresas y usuarios vinculados al agua, 3 proyectos para obtención de infraestructuras de demostración y una página web con su Intranet. Además se espera producir alrededor de 25 Tesis Doctorales,  400 trabajos científicos en revistas ISI  y 20 patentes. A lo largo de los 5 años del Programa se prevé la titulación de  un mínimo de 150 estudiantes de másteres.